养猪场污水处理污染源包括牲畜粪便、农药、化肥等。农药污水中，一是有机质、植物营养物及病原微生物含量高，二是农药、化肥含量高。致使大量农药、有机化肥随表土流入江、河、湖、库，随之流失的氮、磷、钾营养元素，未经养猪场污水处理系统处理的物质会使河川受到不同程度富营养化污染的危害，造成藻类以及其他生物异常繁殖，引起水体透明度和溶解氧的变化，从而致使水质恶化。
养猪场污水处理猪粪尿流程 :
猪粪尿排泄量因猪只体重、采食饲料质量及饲养方式不同有很大差异，猪只按营养标准喂饲结果，其粪便排泄量约为饲料采食量干种之51﹪；以一头体重为150到200公斤的猪为例，每天所排放的粪便量约为2公斤。猪粪尿处理方式，可分为粪尿混合处理及粪尿分离处理二大类：而各种养猪场污水处理方法，不外乎经过「固液分离」、「厌气处理」与「好气处理」三道养猪场污水处理程序：

（一）养猪场污水处理固液分离
养猪场污水处理固液分离主要系利用养猪场污水处理固液分离机将猪粪中固形物分离，降低养猪场污水处理中有机物，固体部分可经除臭、发酵后做堆肥；液体部分则经养猪场污水处理厌气发酵后，产生沼气及污泥饼再利用，剩余之液体则可供灌溉或排放。养猪场污水处理固液分离处理方式包括人工捡粪、刮粪式畜舍、猪粪分离床、固液分离机等。

（二）养猪场污水处理厌气处理
养猪场污水处理猪粪尿废水中有机物被微生物分解酸败腐化消耗氧气，因缺氧形成厌气状态，厌气菌种取得优势大量繁殖，有机物被分解形成甲烷（CH4）、二氧化碳（CO2）、硫化氢（H2S）、氨气（NH3）、水（H2O）等，养猪场污水处理设施包括厌气塘、厌气槽、厌气塔等。

（三）养猪场污水处理好气处理 
亦即养猪场污水供氧处理，是将大量空气打入猪粪尿废水中，水中溶氧充足，好气菌种大量繁殖，有机物被微生物分解，因微生物在有氧状态下进行氧化分解效率高，有机物分解速度快，养猪场污水处理方式包括水车式供氧、曝气机供氧、生物旋转盘供氧等。
养猪场污水处理猪粪尿经大量水冲洗再固液分离后所剩之固体粪渣，大部分为未消化之饲料颗粒，如玉米粒、麸皮、豆渣皮等粗纤维，虽然肥料三要素氮、磷、钾等肥料成分相对较低，含水率75~85 %，但是为了减少养猪场污水处理环境污染，提高养猪场污水处理猪只饲养附加价值，降低畜牧饲养成本，提高农民养猪收益，猪粪尿的再利用是有其必要性的。而其有机肥原料再利用的方法有：
（一） 肥料
猪粪尿废水污泥经污泥脱水机脱水后，其所产生之污泥饼可经除臭、发酵、干燥后作成有机化肥回归农地。

（二）饲料
猪粪尿有机肥原料经过发酵处理消除病原体后，可以养殖鱼类、混入饲料中再喂饲动物，其做法就是利用饲养各种家畜家禽所产生的肥料，排放到鱼池之中，畜禽的粪尿排泄物可以当作鱼类的饲料。

（三）沼气之利用
1.有机肥原料燃料：猪粪尿厌气发酵产生之沼气，可供作燃料；7~8头猪所产生之粪尿发酵产生之沼气量，有机肥原料足可提供一个五、六口家庭生活所需之燃料。
2.有机肥原料动力：将化油器改换成进气管，有机肥原料沼气可取代汽油使用于抽水机，做灌溉机具的动力来源。
3.有机肥原料热源：可供做仔猪保温灯及保温垫热水之能源。 

（四）有机肥原料培养藻类︰猪粪尿水发酵后之排放液中，可供培养绿藻、螺旋藻用，且可更进一步净化放流水。
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